A környezeti metagenomika a különféle környezeti mintákban található mikroorganizmusok genetikai elemzését foglalja magában. Ezek a tanulmányok betekintést nyújtanak a víz- vagy talajminták mikrobiológiai profiljába, lehetővé teszik a mikrobiális csoportok filogenetikai elemzését, valamint az egyes fajok azonosítását.
A teljes (shotgun) metagenom szekvenálás torzítás nélkül szolgáltat információt az összes organizmus teljes genomjáról. Az élőlények taxonómiai besorolása és a relatív mennyiségéről szóló információk mellett, izoláció és tenyésztés nélkül, ez a technika felbecsülhetetlen értékű a génpredikció, a funkcionális profilozás és a mikrobiális fajok kölcsönhatásának tanulmányozásában.
Minta követelmények
- ajánlott: genomi DNS, ≥600 ng, 20 µl, nem töredezett
- minimum: 150 ng, 15 µl
Szekvenálási stratégia
- 250-300 bp inszert könyvtár
- paired-end 150 bp szekvenálás
- ≥6 Gbp adat
