A környezeti metagenomika a különféle környezeti mintákban található mikroorganizmusok genetikai elemzését foglalja magában. Ezek a tanulmányok betekintést nyújtanak a víz- vagy talajminták mikrobiológiai profiljába, lehetővé teszik a mikrobiális csoportok filogenetikai elemzését, valamint az egyes fajok azonosítását.
A 16S rRNS minden baktériumban és archeában megtalálható, így ideális célpont ezen szervezetek szekvencia alapú azonosítására, különösen a vegyes mintákban a konzervált és variábilis régiók jelenléte miatt. A 16S rRNS szekvenálás költséghatékony megközelítés a környezeti metagenomikában.

Minta követelmények

  • ajánlott: genomi DNS, ≥200 ng, 20 µl, nem töredezett
  • minimum: 100 ng, 15 µl

Szekvenálási stratégia

  • 1500 bp inszert könyvtár
  • ≥50.000 szekvencia